Todo estaba siendo destruido, las casas, las personas poco avanzadas, todo estaba siendo destruido por la feroz bestia, que un día como cualquier otro había aparecido. La gente sin saber de donde provenía tal bestia, temía enfrentarse a el, o al menos intentar hacerle algo de daño para que se alejara, los gritos eran cada vez mas fuertes, la sangre era cada vez mas, ¿El fin para la civilización? parecía serlo, hasta que un monje, del cual tampoco se sabia nada, apareció, era el único ser en la tierra que conocía el Ninshuu, el Taishuu y el Genshuu, tan solo buscaba la paz, y por eso había viajado por el mundo enseñando su religión. Cuando apareció, demostró su poder y sabiduría contra el Juubi, tenia una especie de ojos con patrones raros, con lo que venció a la bestia, y por el bien de todos los habitantes en el mundo, se uso a el mismo como recipiente, y con su enorme poder logro sellar al Diez Colas dentro de el, un suceso importante que quedaría grabado en la historia, el primer Jinchuriki.
Con el paso del tiempo, el Sabio que había derrotado a lo que podría ser el causante del fin de la civilización, envejeció, y preocupado con que la feroz bestia pudiese salir devuelta, separo el chakra del Diez colas en 9 que se esparcieron por el mundo. Tras hacer dicha hazaña, encerró al Juubi en su jutsu Chibaku Tensei, y luego lo envío al espacio, formándose lo que en el día de hoy seria "La luna". Cuando termino de hacer esto, en su lecho de muerte, dejo a uno de sus hijos su sueño, el mas grande creía que era necesario el poder para lograr el objetivo del padre, y el menor el amor, por esto Rikudou Sennin se decidio por su hijo menor, y luego murió. El mayor, creando cierto rencor hacia su hermano menor, creo la "Cadena de Odio".
Después de esto, muchos años después, se creo el "Taijutsu, Ninjutsu y Genjutsu" que eran los nuevos nombres para el Ninshuu, Genshuu y Taishuu, los cuales había descubierto el sabio de los 6 caminos.
La primer gran guerra Ninja se presento, en los cuales todos estaban organizados por pequeños clanes, que luchaban para quien les pague, entre ellos los mas fuertes eran los "Uchiha y los Senju", que diariamente luchaban entre si, sobre todo los Lideres de los Clanes, que en aquellos tiempos eran "Madara Uchiha" y "Hashirama Senju", este ultimo le ofreció tregua a Madara, mas este rechazo, aunque se vio obligado a aceptar debido a que los integrantes del clan Uchiha se habían cansado de luchar. Los líderes hicieron un pacto con El País del Fuego, para formar Konoha, que fue la primera aldea. Los demás clanes hicieron lo mismo con otros Países, y formaron distintas aldeas, luego se le llamo a los habitantes de las aldeas que luchaban "Ninjas". Cuando sucedió esto, todas las aldeas querían superar en poder a los demás, mas poder, mas, mas, mas, mas y mas, aunque los Ninjas eran poderosos, los lideres de las aldeas eran muy exigentes, querían superar a todos, pero 5 aldeas destacaron entre las demás, Konohagakure, Sunagakure, Kumogakure, Iwagakure y Kirigakure, las que hoy son conocidas como las 5 grandes naciones Ninja.
Konoha por otra parte, era la aldea más "Avanzada" por así decirlo, ya habían dado nombre al líder de Konoha, se le llamaría "Hokage". Hashirama ayudo a crear las viviendas de la aldea, con sus poderes del elemento madera, creo la infraestructura del pueblo, y por ende todos lo eligieron como Hokage. Madara, ahora temiendo que los Senju, los cuales lideraban Konoha, oprimieran a sus antiguos rivales, los Uchiha, busco apoyo por parte de su clan para derrocar a Hashirama, mas su clan no lo apoyo, Madara tuvo que actuar por mano propia y individualmente, el y el Hokage pelearon a muerte en lo que se llamaría "El Valle del Fin", se cree que Madara murió en esa batalla. Cuando la batalla termino, el Kyubi, o el Zorro de las nueve colas, entro en posesión de Konoha y fue sellado en los Uzumaki, un clan que estaba formado por parientes lejanos de los Senju, por ende, Konoha y los Uzumaki tenían lazos fuertes. Con el poder del control de la madera, Hashirama pudo dominar a los demás Bijus, y otorgar uno distinto a cada aldea que estaba haciéndose para continuar con la paz, la cual no duro mucho, debido a que poco tiempo después se presento la Primer Gran Guerra Mundial Ninja.

La Primer Gran Guerra Mundial Ninja paso, donde murió Hashirama, su hermano lo reemplazo, convirtiéndose en el Segundo Hokage, no obstante el moriría luego por ninjas de Kumogakure, igual que su hermano, pero dejo un sucesor, el cual era Hiruzen Sarutobi, lidero Konoha en la Segunda Gran Guerra Mundial Ninja. Además de las luchas contra toda Amegakure y contra Hanzo, no se sabe casi nada de las acciones de Konoha en la guerra de aquel entonces. Décadas más tarde, Konoha se metió en la Tercer Gran Guerra Mundial NInja, y lucho contra Iwagakure, utilizando a Kusagakure de campo de batalla, Konoha estaba por ser derrotada, pero Minato Namikaze equilibro las cosas, e hizo que la guerra se pusiera a favor de Konoha nuevamente.

Terminada la tercera gran guerra Ninja, la paz volvió a reinar por un tiempo, hasta que Akatsuki se dio a conocer, liderada por un misterioso hombre con una mascara naranja, que tenia patrones de "remolino" o una cosa similar. Los Kages de aquella epoca, A, Tsunade, Mei, Onoki y Gaara, se aliaron formando la Alianza Shinobi, y de esa manera derrotaron a Madara, sin embargo Akatsuki tuvo ayuda de otro integrante de la organización, que genero millones de ellos, aun así los ninjas lograron derrotarlos, los Kages destruyeron a Madara, que se creía muerto, el era el enmascarado, aun así esta pelea por alguna razón, se realizo en Iwagakure, y por esto quedo destruida completamente, además de que Amegakure y Kusagakure se "aliaron" con Madara, y destruyeron Iwagakure, y también mataron a casi todos los ninjas de las aldeas, junto con Zetsu, el miembro de la famosa org Akatsuki, Zetsu, Amegakure y Kusagakure perdieron su fuerza militar, ya que todos murieron, pero también casi todos los ninjas de la aldea, aun quedaban sobrevivientes...¿Quienes?